En 1983, y en 1984 comenzó a desarrollar el sistema operativo libre, GNU, que la mayoría de personas erróneamente llaman Linux. Él es presidente de la Fundación para el Software Libre.
El anuncio inicial del proyecto GNU siguió, en 1985, la publicación del Manifiesto GNU, en el cual Stallman declaraba sus intenciones y motivaciones para crear una alternativa libre al sistema operativo Unix, al que denominó GNU (GNU No es Unix), pronunciado de forma parecida a ñu, en inglés (de ahí los dibujos-logotipos que lo representan). Poco tiempo después fundó la organización sin ánimo de lucro Free Software Foundation para coordinar el esfuerzo. Inventó el concepto de copyleft, que fue utilizado en la Licencia Pública General GNU (conocida generalmente como la "GPL") en 1989. La mayor parte del sistema GNU, excepto el núcleo, se completó aproximadamente al mismo tiempo. En 1991, Linus Torvalds liberó el núcleo Linux bajo los términos de la GPL, completando un sistema GNU completo y operativo, el sistema operativo GNU/Linux.
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